Pertama, dengan memakai injeksi, motor tidak dapat diutak-atik secara sembarangan karena part sangat sensitif. Dengan begitu mengharuskan pemilik untuk melakukan perawatan dan perbaikan di bengkel khusus.
Kedua, bagi yang gemar memodifikasi motor, khususnya peforma dan kecepatan mesin, harus mengeluarkan dana yang lebih untuk motor jenis ini. Beberapa part tergolong mahal dan pastinya merogoh kocek cukup dalam.
Ketiga, di samping harga modifikasi yang mahal, tentunya sparepart atau suku cadang dari motor injeksi juga cukup mahal. Motor injeksi juga membutuhkan pembangkit listrik yang lebih besar.
Keempat, bicara soal kelistrikan, harus ekstra diperhatikan jika ingin mengubah atau menambahkan beberapa part yang berhubungan dengan kelistrikan. Seperti pemasangan lampu jenis HID atau menambahkan asesoris lainnya. Jika tidak ditangani oleh orang yang sudah mengerti karakteristik motor injeksi, kesalahan kecil akan mengakibatkan motor mati.
Kelima, dengan mulut injektor yang kecil, akan sangat sensitif terhadap kualitas bahan bakar. oleh karena itu disarankan menggunakan bensin yang lebih baik kualitasnya daripada motor-motor yang menggunakan karburator. Selain itu kerja catalytics converter juga dipengaruhi kadar timbal / oktan dari bahan bakar yang digunakan..
